Hned 28. září začal zasedat v suterénu v místnosti, kterou dnes známe pod názvem „biograf“. Sem byly z pankrácké policejní věznice přiváženy vybrané oběti, aby odtud po krátkém formálním jednání, neboť o všem gestapo předem rozhodlo, putovaly přímo na popraviště. První den poslal soud na smrt představitele ilegální vojenské organizace Obrana národa generály J. Bílého a H. Vojtu.  Dále člena I. ilegálního ústředního výboru KSČ O Synka, bývalé redaktory Rudého práva a celou řadu dalších zatčených odbojářů.

    Pražský stanný soud poslal do 28. září 1941 do 20. ledna 1942 na popraviště 486 osob a 2242 jich Illmer svým podpisem uvrhl do koncentračního tábora.  Ti, o kom gestapo rozhodlo, že budou popraveni, byli formálně souzeni stanným soudem, ale ti, kteří byli posláni do koncentračních táborů, se často ani dodatečně nedozvěděli, že byli v nepřítomnosti odsouzeni.